2006年，南通口岸开放程度明显提高。据南通海事局统计，2006年，南通口岸共接待了来自47个国家和地区的235个港口的外国籍船舶3914艘次，船舶平均吨位22398.85吨，同比增长36％，外贸货物吞吐量2118.71万吨，同比增长30.13％，外贸进出口集装箱210836.75标箱，同比增长19.6%，接待中外籍船员76256人次。

　　近年来，随着南通市委市政府“沿江开发，江海联动”战略的深入实施，南通海事等口岸查验单位依法加强对到港船舶、货物和人员的服务和监督管理，以“通关提速”为目标，以《1965年便利国际海上运输公约》在我国深化实施为契机，实施船舶预检制度，进一步加快了国际航行船舶和进出口货物的通关速度，提高了南通港口物流周转率。船舶代理单位也充分发挥桥梁纽带作用，加强船舶、货主、港口、口岸单位之间信息沟，为南通口岸引来更多的船舶和货源。至今南通口岸已累计与78个国家317个港口建立通航关系。